Bergoglio viene eletto papa il 13 Marzo 2013, il secondo giorno del conclave del 2013, prendendo il nome di Francesco.
Francesco è eletto dopo il quinto ballottaggio del conclave. L’Habemus Papam viene pronunciato dal cardinale protodiacono Jean-Lous Tauran. Il cardinale Christoph Schonborn, qualche tempo dopo, dice che Bergoglio è stato eletto seguendo due segni divini: uno in conclave (non è stato però rivelato), e l’altro da parte di due amici di origine latino americana che hanno sussurrato il nome Bergoglio all’orecchio di Schonborn. Lo stesso Cardinale ha detto “Se queste persone mi hanno indicato Bergoglio, è un segnale dello Spirito Santo”.
Bergoglio si è distinto subito: invece di ricevere i complimenti dei cardinali seduto sul trono papale, è rimasto in piedi, dando così subito un segnale di cambiamento rispetto alle formalità previste dal Vaticano. Durante la prima apparizione sulla balconata della Basilica di San Pietro, ha indossato una tonaca semplice e bianca, invece della mozzetta di ermellino rossa usata da Benedetto XVI. Al collo porta una croce di ferro, la stessa che portava quando era Cardinale Arcivescovo a Buenos Aires.
Dopo essere stato eletto e aver scelto il nome, il primo atto è stata l’imposizione della benedizione Urbi et Orbi sulle migliaia di pellegrini presenti in piazza San Pietro. Ha chiesto loro di pregare per lui e per il predecessore, Ratzinger.
L’inaugrazione del pontificato è stata ufficialmente il 19 Marzo 2013 in piazza San Pietro in Vaticano. Ha celebrato la Messa alla presenza di vari politici e leader religiosi da tutto il mondo. Nella sua omelia si è concentrato sulla figura e la solennità di San Giuseppe, il santo del giorno stesso.
Alla prima udienza, il 16 Marzo 2013, Francesco ha detto ai giornalisti di aver scelto il nome Francesco in onore del Santo di Assisi, anche per l’attenzione da dedicare ai poveri. Ha inoltre raccontato che, quando orami sembrava chiaro l’andamento del conclave, il cardinale brasiliano Claudio Hummes lo ha abbracciato e sussurrato: “Non dimenticarti dei poveri”, e subito il pensiero è andato al Santo di Assisi. Bergoglio aveva già accennato in precedenza la sua devozione a San Francesco, dicendo: “Ha portato nella cristianità l’idea di povertà rispetto al lusso, all’orgoglio e alla vanità dei poteri civili e ecclesiastici. Ha cambiato la storia”.
Questa è la prima volta che un papa porta il nome di Francesco ed è la prima volta, da Papa Lando (913-914), che viene scelto un nome mai utilizzato in precedenza.
Francesco ha raccontato che alcuni cardinali elettori hanno consigliato, in maniera scherzosa, di scegliere il nome Adriano, dal momento che Papa Adriano VI è stato un riformatore della Chiesa, o il nome Clemente, per proseguire rispetto a Clemente XIV, che aveva soppresso l’ordine dei Gesuiti.
Nel Febbraio del 2014 è stato rivelato che, se fosse stato eletto nel 2005, avrebbe scelto il nome di Giovanni XXIV, in onore di Papa Giovanni XXIII. Bergoglio disse al cardinale Francesco Marchisano: “Giovanni, avrei scelto il nome Giovanni, come il Papa Buono. Mi sono ispirato molte volte a lui”.
Il 16 Marzo 2013 papa Francesco ha chiesto a tutti i componenti della Curia di continuare il loro percorso. Ha nominato Alfred Xuereb come suo personale segretario. Nel 6 aprile ha nominato José Rodriguez Carballo come segretario per la Congregazione degli Istituti della Vita Consacrata e Società della vita Apostolica, una posizione vacante da molti mesi.
Francesco ha abolito il bonus agli impiegati del Vaticano al momento dell’elezioen di un nuovo papa: un bonus che ammontava a qualche milione di Euro, dandolo in beneficenza. Ha inoltre abolito i 25.000 Euro annualo di bonus pagati ai cardinali Supervisori alla Banca del Vaticano.
Il 13 aprile 2013 ha nominato 8 cardinali per aiutarlo nella revisione della Costituzione Apostolica della Curia di Roma (Pastor Bonus), includendo personaggi che sono stati anche critici nei confronti del Vaticano (uno solo faceva parte della Curia). Essi sono: Giuseppe Bertello, presidente del governatorato di Città del Vaticano; Francisco Javier Errazuriz Ossa dal Cile; Oswald Gracias dall’India; Reinhard Marx dalla Germania; Laurent Monengwo Pasinya dalla Repubblica Democratica del Congo; George Pell dall’Australia; Sean O’Malley dagli USA; Oscar Andres Rodriguez Maradiaga da Honduras. Il vescovo Marcello Semeraro è stato scelto come segretario del gruppo e il primo incontro venne fissato per i primi giorni di Ottobre.